Konstitusi memberikan sejumlah kewenangan lain kepada Mahkamah Agung dan Komisi Yudisial yang diatur dalam Undang-Undang. Undang-Undang kemudian menyebutkan bahwa Mahkamah Agung menjalankan wewenang pengawasan internal terhadap badan peradilan di bawahnya; sementara Komisi Yudisial menjalankan fungsi pengawasan eksternal.

Kewenangan pengawasan yang dimiliki Mahkamah Agung berbeda dalam beberapa hal dari wewenang/fungsi pengawasan Komisi Yudisial. Meskipun sama-sama mengawasi hakim, Mahkamah Agung bisa mengawasi dugaan pelanggaran kode etik dan pedoman perilaku serta teknis peradilan, administrasi, dan keuangan. Sebaliknya, Komisi Yudisial terbatas pada pengawasan dugaan pelanggaran kode etik dan pedoman perilaku hakim (KEPPH). Namun kewenangan kedua lembaga memiliki irisan kewenangan pada aspek KEPPH.

Rekomendasi Komisi Yudisial yang dihasilkan dari fungsi pengawasan tersebut disampaikan ke Mahkamah Agung. Dalam praktik, Komisi Yudisial dan Mahkamah Agung menyelenggarakan sidang Majelis Kehormatan Hakim (MKH) untuk mengadili dan memutus dugaan pelanggaran Kode Etik dan Pedoman Perilaku Hakim.

Peraturan Terkait :

1. Keputusan Bersama Ketua Mahkamah Agung RI & Ketua Komisi Yudisial RI Nomor 047/KMA/SKB/IV/2009 02/SKB/P.KY/IV/2009 Tentang Kode Etik Dan Pedoman Perilaku Hakim
2. Peraturan Bersama Mahkamah Agung RI & Komisi Yudisial RI Nomor : 02/PB/MA/IX/2012 - 02/PB/P.KY/09/2012 Tentang Panduan Penegakan Kode Etik dan Pedoman Perilaku Hakim
3. Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI Nomor : 122/KMA/SK/VII/2013 Tentang Kode Etik dan Pedoman Perilaku Panitera dan Jurusita
4. Keputusan Sekretaris Mahkamah Agung RI Nomor : 008-A/SEK/SK/I/2012 Tentang Aturan Perilaku Pegawai Mahkamah Agung RI

1. Penunjukan hakim atau majelis hakim dilakukan oleh KPN setelah Panitera mencatatnya di dalam buku register perkara seterus¬nya diserahkan kepada Ketua Pengadilan Negeri untuk menetapkan Hakim/ Majelis yang menyidangkan perkara tersebut
2. Ketua Pengadilan Negeri dapat mendelegasikan pembagian perkara kepada Wakil Ketua terutama pada Pengadilan Negeri yang jumlah perkaranya banyak
3. Pembagian perkara kepada Majelis/ Hakim secara merata dan terhadap perkara yang menarik pehatian masyarakat, Ketua Majelisnya KPN sendiri atau majelis khusus
4. Sebelum berkas diajukan ke muka persidangan, Ketua Majelis dan anggotanya mempelajari terlebih dahulu berkas perkara
5. Sebelum perkara disidangkan, Majelis terlebih dahulu mempelajari berkas perkara, untuk mengetahui apakah surat dakwaan telah memenuhi-syarat formil dan materil
6. Syarat formil: nama, tempat lahir, umur atau tanggal lahir, tempat tinggal, pekerjaan terdakwa, jenis kelamin, kebangsaan dan agama
7. Syarat-syarat materiil:
   • Waktu dan tempat tindak pidana dilakukan (tempus delicti dan locus delicti);
   • Perbuatan yang didakwakan harus jelas di¬rumuskan unsur-unsurnya;
   • Hal-hal yang menyertai perbuatan-perbuatan pidana itu yang dapat menimbulkan masalah yang memberatkan dan meringankan.
8. Mengenai butir a dan b merupakan syarat mutlak, apabila syarat-syarat tersebut tidak terpenuhi dapat mengakibatkan batalnya surat dakwaan (pasal 143 ayat 3 KUHAP)
9. Dalam hal Pengadilan berpendapat bahwa perkara menjadi kewenangan pengadilan lain maka berkas perkara dikembalikan dengan penetapan dan dalam tempo 2 X 24 jam, dikirim kepada Jaksa Penuntut Umum dengan perintah agar diajukan ke Pengadilan yang berwenang (pasal 148 KUHAP)
10. Jaksa Penuntut Umum selambat-lambatnya dalam waktu 7 (tujuh) hari dapat mengajukan perlawanan terhadap penetapan tersebut dan dalam waktu 7 (tujuh) hari Pengadilan Negeri wajib mengirimkan perlawanan tersebut ke Pengadilan Tinggi (pasal 149 ayat 1 butir d KUHAP)

1. Pemeriksaan dilakukan sesuai dengan prinsip-prinsip persidangan diantaranya pemeriksaan terbuka untuk umum, hadirnya terdakwa dalam persidangan dan pemeriksaan secara langsung dengan lisan
2. Terdakwa yang tidak hadir pada sidang karena surat panggilan belum siap, persidangan ditunda pada hari dan tanggal berikutnya
3. Ketidakhadiran terdakwa pada sidang tanpa alasan yang sah, sikap yang diambil:
   • sidang ditunda pada hari dan tanggal berikutnya
   • memerintahkan Penuntut Umum untuk memanggil terdakwa
   • jika panggilan kedua, terdakwa tidak hadir lagi tanpa alasan yang sah, memerintahkan Penuntut Umum memanggil terdakwa sekali lagi
   • jika terdakwa tidak hadir lagi, maka memerintahkan Penuntut Umum untuk menghadirkan terdakwa pada sidang berikutnya secara paksa
4. Keberatan diperiksa dan diputus sesuai dengan ketentuan KUHAP
5. Perkara yang terdakwanya ditahan dan diajukan permohonan penangguhan/ pengalihan penahanan, maka dalam hal dikabulkan atau tidaknya permohonan tersebut harus atas musyawarah Majelis Hakim
6. Dalam hal permohonan penangguhan/ pengalihan penahanan dikabulkan, penetapan ditandatangani oleh Ketua Majelis dan Hakim Anggota
7. Penahanan terhadap terdakwa dilakukan berdasar alasan sesuai Pasal 21 ayat (1) dan ayat (4) KUHAP, dalam waktu sesuai Pasal 26, Pasal 27, Pasal 28 dan Pasal 29 KUHAP
8. Penahanan dilakukan dengan mengeluarkan surat perintah penahanan yang berbentuk penetapan
9. Penangguhan penahanan dilakukan sesuai Pasal 31 KUHAP
10. Dikeluarkannya terdakwa dari tahanan dilakukan sesuai Pasal 26 ayat (3) dan Pasal 190 huruf b
11. Hakim yang berhalangan mengikuti sidang, maka KPN menunjuk Hakim lain sebagai penggantinya
12. Kewajiban Panitera Pengganti yang mendampingi Majelis Hakim untuk mencatat seluruh kejadian dalam persidangan
13. Berita Acara Persidangan mencatat segala kejadian disidang yang berhubungan dengan pemeriksaan perkara, memuat hal penting tentang keterangan saksi dan keterangan terdakwa, dan catatan khusus yang dianggap sangat penting
14. Berita Acara Persidangan ditandatangani Ketua Majelis dan Panitera Pengganti, sebelum sidang berikutnya dilaksanakan
15. Berita Acara Persidangan dibuat dengan rapih, tidak kotor, dan tidak menggunakan tip-ex jika terdapat kesalahan tulisan
16. Ketua Majelis Hakim/ Hakim yang ditunjuk bertanggung jawab atas ketepatan batas waktu minutasi
17. Segera setelah putusan diucapkan Majelis Hakim dan Panitera Pengganti menandatangani putusan
18. Segera setelah putusan diucapkan pengadilan memberikkan petikan putusan kepada terdakwa atau Penasihat Hukumnya dan Penuntut Umum.